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1950年、第二次世界大戦終結後冷戦真っ只中であり共産主義政権下のチェコスロバキア。雪がまばらに残る樹木の茂る丘陵地方にそびえたつ大きな要塞は、かつてはミロフと呼ばれ、現在は"反逆者"の強制収容所となっている。
礼拝所は収容された者たちの作業場となっている。囚人の一人である40歳くらいの中年男フランタ・スラーマ(オンドジェイ・ヴェトヒー)は突然倒れ、収容所内の診療所に運び込まれ、肺炎と診断される。診療所は同じく囚人のドイツ人医師によって運営されていた。小さな2つの入れ墨は彼がナチ親衛隊員だったことを物語っていた。中庭では収容所の所長が囚人たちに向かい、彼らがここから出られる唯一の道は墓場への荷車だと語る。それは皮肉にも「恩赦」荷車と呼ばれていた。
時は1939年。チェコ空軍の教官であるフランタは、2人乗りの飛行機に恋人ハニチカを乗せ、戯れていた。和やかで親密な空気。だがその夜、ドイツ軍がチェコに侵攻してきたことをラジオで知らされる。
薄暗い朝。フランタはどんよりとしたムードの基地へと向かう。若いパイロットのカレル・ヴォイティシェク(クリシュトフ・ハーディック)は軍用機を盗みポーランドに向かおうとするが、フランタはこんな悪天候の中飛行するのは自殺行為だと彼を止める。ドイツ軍が到着する前にドイツ人役人のヘセに先導されたフランタの上官は彼にドイツ軍への譲渡の任務を与える。カレルにはフランタの礼儀正しいふるまいもただの裏切りにしか写らなかった。
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フランタはハニチカに別れを告げ、カレルとともに戦地に出発する。 英国空軍はチェコ人パイロットたちが英語を話せるようになり、英国機で再訓練を終えるまで飛行を許可しなかった。「チェコ人には忍耐が必要だ」と言う空軍司令官のベントレー(チャールズ・ダンス)に向かってフランタは「彼らはチェコ空軍の訓練を十分に受けたパイロットで、英国空軍に従軍するために家族を捨ててきたのだ」と告げる。
ある日、チェコ人パイロットたちは例によって不機嫌そうに飛行場をぶらついていると突如スピーカーから大音量で彼らに緊急発進指令が下される。最初の任務でドイツ軍の大軍に出くわすとは誰もが信じなかった。飛行を許された喜びも束の間、パイロットの一人であるトムトムが撃墜されてしまう。
またある日カレルとフランタは上空に忍び寄るドイツ軍爆撃機の後を追っていた。カレルは降下して爆撃機に発砲するが逆に爆撃機の大砲が彼を直撃、カレルは墜落する。誰もがカレルは死んだものだと思っていた。
だがなんとか一命を取りとめていたカレルはスーザン(タラ・フィッツジェラルド)という英国人女性に助けられる。彼女は傷の手当てをして、暖かい食事を与える。食事の最中に彼女は夫が戦地で行方不明になっていることを告げる。彼らの間に親密な空気が流れ、その夜、二人は愛し合う。

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