１９１４年、ロンドン。情報部員のリチャード・ハネーは、スカッダーという男から驚くべき情報を聞く。某国の皇族を暗殺する陰謀があり、それは世界大戦の引き金になるというのだ。スカッダーは一冊の手帳をハネーに託し、ドイツのスパイに殺されてしまう。殺人容疑者として追われるハネーは、ドイツの陰謀を阻止することを決意。逃亡劇に巻き込まれたビクトリアという女と共に、イギリス全土を逃げ回りながら、事件の核心に迫ってゆく。秘密を解く鍵は、手帳に記された不可解なローマ数字にあった。謎の暗号”三十九階段”とは、何を意味するのか?そしてハネーは、世界を戦争の危機から救えるのか?